Это зависит от ситуации:

Если ипотека бралась еще на этапе строительства дома, до сдачи его в эксплуатацию, то оценка является чисто формальной процедурой и ни на что не влияет.

Если же в ипотеку берется уже готовая квартира, в уже сданном доме и не напрямую у застройщика, а уже от собственника, то здесь немного сложнее. В этой ситуации стоимость, указанная оценщиком в отчете об оценке должна совпадать с той, которая будет у вас в договоре купли-продажи.

Если же стоимость в отчете об оценке окажется дешевле, чем нужно — банк может просто не выдать ипотеку на такую квартиру. Поэтому если оценка для банка нужна для приобретения вторичного жилья, лучше заранее оговорить с оценщиком этом момент.